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| 日付 | 摘要 | 事業者名 | 種別 | 種類 | 区間 | 変更内容 | 備考 |
| 1899/01/01 | 開業 | 岡崎馬車鉄道 | 軌道 | | 岡崎停車場前（後・岡崎駅前）〜岡崎町 | | 終点は殿橋南詰 |
| 1899/01/21 | 開業 | 大師電気鉄道 | 軌道 | | 六郷橋〜大師（現・川崎大師） | | |
| 1899/01/23 | 開業 | 御殿場馬車鉄道 | 軌道 | | 御殿場新橋〜須走（全通） | | |
| 1899/01/25 | 開業 | 阪鶴鉄道 | 鉄道 | | 有馬口（現・生瀬）〜三田 | | |
| 1899/01/25 | 開業 | 豊州鉄道(1) | 鉄道 | | 香春（現・勾金）〜夏吉 | | |
| 1899/02/16 | 開業 | 徳島鉄道 | 鉄道 | | 徳島〜鴨島 | | |
| 1899/02/17 | 開業 | 尾西鉄道 | 鉄道 | | 津島〜森上 | | |
| 1899/02/17 | 開業 | 野州人車鉄道石材 | 軌道 | | 西原町〜芳原 | | |
| 1899/02/-- | 開業 | 大阪鉄道(1) | 鉄道 | | ※玉造砲兵工廠支線 | | |
| 1899/03/10 | 開業 | 岩越鉄道 | 鉄道 | | 中山宿〜山潟（現・上戸） | | |
| 1899/03/25 | 開業 | 九州鉄道(1) | 鉄道 | | 金田〜伊田（現・田川伊田） | | |
| 1899/03/25 | 開業 | 阪鶴鉄道 | 鉄道 | | 三田〜篠山（現・篠山口） | | |
| 1899/04/01 | 開業 | 太田鉄道 | 鉄道 | | 久慈川〜太田（現・常陸太田） | | |
| 1899/04/18 | 開業 | 森岡真（個人） | 軌道 | | 乙女河岸〜間々田駅 | | 通称「乙女人車鉄道」 |
| 1899/04/-- | 改称 | 大師電気鉄道 | | | | →京浜電気鉄道 | |
| 1899/05/11 | 譲渡 | 河陽鉄道 | 鉄道 | | ※鉄道全線 | →河南鉄道 | |
| 1899/05/21 | 開業 | 関西鉄道 | 鉄道 | | 大仏〜奈良 | | |
| 1899/05/25 | 開業 | 阪鶴鉄道 | 鉄道 | | 篠山（現・篠山口）〜柏原 | | |
| 1899/06/13 | 開業 | 唐津興業鉄道 | 鉄道 | | 山本〜厳木 | | |
| 1899/07/10 | 開業 | 豊州鉄道(1) | 鉄道 | | 後藤寺（現・田川後藤寺）〜川崎（現・豊前川崎） | | |
| 1899/07/15 | 開業 | 岩越鉄道 | 鉄道 | | 山潟（現・上戸）〜若松（現・会津若松） | | |
| 1899/07/15 | 開業 | 阪鶴鉄道 | 鉄道 | | 柏原〜福知山南口（後・福知） | | |
| 1899/07/17 | 開業 | 豆相鉄道 | 鉄道 | | 南条（現・伊豆長岡）〜大仁 | | |
| 1899/07/18 | 開業 | 尾西鉄道 | 鉄道 | | 森上〜萩原 | | |
| 1899/07/-- | 合併 | 品川馬車鉄道 | | | | →東京馬車鉄道 | |
| 1899/08/15 | 開業 | 角田馬車鉄道 | 軌道 | | 槻木〜角田 | | |
| 1899/08/15 | 開業 | 京都鉄道 | 鉄道 | | 嵯峨（現・嵯峨嵐山）〜園部 | | |
| 1899/08/19 | 開業 | 城東馬車鉄道 | 軌道 | | 堀ノ内〜南山 | | |
| 1899/08/19 | 開業 | 徳島鉄道 | 鉄道 | | 鴨島〜川島（現・阿波川島） | | |
| 1899/08/27 | 開業 | 東武鉄道 | 鉄道 | | 北千住〜久喜 | | |
| 1899/09/05 | 開業 | 北越鉄道 | 鉄道 | | 直江津〜春日新田 | | |
| 1899/10/04 | 開業 | 伊予鉄道(1) | 鉄道 | | 平井河原（現・平井）〜横河原 | | |
| 1899/10/08 | 開業 | 山中馬車鉄道 | 軌道 | | 山中〜河南 | | |
| 1899/10/14 | 開業 | 奈良鉄道 | 鉄道 | | 奈良〜京終 | | |
| 1899/12/13 | 開業 | 房総鉄道 | 鉄道 | | 一ノ宮（現・上総一ノ宮）〜大原 | | |
| 1899/12/17 | 開業 | 帝釈人車鉄道 | 軌道 | | 柴又〜金町（現・京成金町） | | |
| 1899/12/23 | 開業 | 徳島鉄道 | 鉄道 | | 川島（現・阿波川島）〜山崎（現・山瀬） | | |
| 1899/12/25 | 開業 | 九州鉄道(1) | 鉄道 | | 宇土〜三角 | | |
| 1899/12/25 | 開業 | 唐津興業鉄道 | 鉄道 | | 厳木〜莇原（現・多久） | | |
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