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| 日付 | 摘要 | 事業者名 | 種別 | 種類 | 区間 | 変更内容 | 備考 |
| 1965/02/04 | 廃止許可 | 山鹿温泉鉄道 | 鉄道 | | 植木〜植木町 | | 1957/度/--より休止 |
| 1965/02/04 | 廃止許可 | 山鹿温泉鉄道 | 鉄道 | | 植木町〜山鹿 | | 1960/度/--より休止 |
| 1965/02/11 | 廃止 | 熊本市 | 軌道 | | 田崎〜百貫石 | | |
| 1965/02/18 | 廃止 | 一畑電気鉄道 | 鉄道 | | 出雲市〜出雲須佐 | | 1964/07/19より不通 |
| 1965/03/11 | 譲渡 | 三井鉱山 | 鉄道 | | ※鉄道全線 | →三井三池港務所 | |
| 1965/04/01 | 合併 | 三重電気鉄道 | | | | →近畿日本鉄道 | |
| 1965/04/25 | 廃止 | 名古屋鉄道(2) | 鉄道 | | 岩倉〜東一宮 | | |
| 1965/06/01 | 開業 | 京葉臨海鉄道 | 鉄道 | | 浜五井〜椎津 | | |
| 1965/06/01 | 合併 | 鹿島参宮鉄道 | | | | →関東鉄道 | |
| 1965/06/01 | 合併 | 常総筑波鉄道 | | | | →関東鉄道 | |
| 1965/06/11 | 廃止 | 茨城交通 | 軌道 | | 上水戸〜水戸駅前 | | |
| 1965/07/01 | 廃止 | 花巻電鉄 | 軌道 | | 中央花巻〜西花巻 | | |
| 1965/07/10 | 廃止 | 江若鉄道 | 鉄道 | | 膳所〜浜大津 | | 京阪線共同使用 |
| 1965/07/11 | 開業 | 大山観光電鉄 | 鉄道 | 鋼索 | 追分〜下社 | | |
| 1965/08/20 | 開業 | 倉敷市 | 鉄道 | | 水島〜川鉄前 | | |
| 1965/08/20 | 開業 | 名古屋臨海鉄道 | 鉄道 | | 笠寺〜東港 | | |
| 1965/08/20 | 開業 | 名古屋臨海鉄道 | 鉄道 | | 東港〜昭和町 | | |
| 1965/08/20 | 開業 | 名古屋臨海鉄道 | 鉄道 | | 東港〜汐見町 | | |
| 1965/08/21 | 廃止 | 大分交通 | 鉄道 | | 豊後高田〜宇佐八幡 | | |
| 1965/09/17 | 不通 | 豊橋鉄道 | 鉄道 | | 清崎〜三河田口 | | 水害による |
| 1965/09/24 | 廃止 | 北陸鉄道 | 鉄道 | | 動橋〜片山津 | | |
| 1965/10/01 | 開業 | 大阪観光 | 鉄道 | 鋼索 | 山下〜山上 | | |
| 1965/10/01 | 開業 | 大阪市 | 軌道 | | 西梅田〜大国町 | | 高速軌道線（地下鉄） |
| 1965/10/15 | 開業 | 名古屋市 | 鉄道 | | 市役所〜栄町（現・栄） | | |
| 1965/10/21 | 休止 | 羽後交通 | 鉄道 | | 館合〜二井山 | | |
| 1965/11/15 | 廃止 | 鹿児島交通 | 鉄道 | | 阿多〜知覧 | | |
| 1965/12/01 | 廃止 | 伊予鉄道(2) | 鉄道 | | 伊予立花（現・いよ立花）〜森松 | | |
| 1965/12/20 | 休止 | 北海道拓殖鉄道 | 鉄道 | | 瓜幕〜東瓜幕 | | |
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